首先跟大家普及一下什么是16S rRNA：
16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應(yīng)的DNA序列，存在于所有細菌的基因組中。16S rRNA具有高度的保守性和特異性以及該基因序列足夠長（包含約50個功能域）。隨著PCR技術(shù)的出現(xiàn)及核酸研究技術(shù)的不斷完善，16S rRNA基因檢測技術(shù)已成為病原菌檢測和鑒定的一種強有力工具。數(shù)據(jù)庫的不斷完善，應(yīng)用該技術(shù)可以實現(xiàn)對病原菌進行快速、微量、準確簡便地分類鑒定和檢測。該技術(shù)主要有三個步驟：首先是基因組DNA的獲得，其次是16S rRNA基因片段的獲得，最后是進行16S rRNA基因序列的分析。
16S rRNA具有多項功能：
1.對于核糖體蛋白的固定起到腳手架的作用。
2.3'末端包含反向的SD序列，用來與mRNA的AUG起始密碼子結(jié)合。16S rRNA的3'端與S1、S21的結(jié)合被發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)合成的開始有關(guān)系。
3.與23S進行交互，幫助兩個核糖體子單元的結(jié)合。（50S+30S）
4.在A site 穩(wěn)定密碼子與反密碼子的正確配對。
任何微生物實驗室都有可能會涉及到微生物鑒定，例如臨床實驗室確認病原體、微生物科研中確認某種菌的身份、醫(yī)療產(chǎn)品制造商確定環(huán)境分離菌對滅菌過程的影響以及生物指示劑中的孢子種類的確認。
遺傳信息在微生物的整個生命周期中都是保守的。它與微生物處于哪個生長階段甚至微生物是否存活都是無關(guān)的，是目前最可靠的進行細菌鑒定的資源。16S rRNA遺傳分析是目前被廣泛接受的微生物鑒定方法。16S rRNA普遍存在于原核生物中（真核生物中其同源分子是18S rRNA）。 由于16S rRNA基因核苷酸序列總長度適宜、結(jié)構(gòu)完整、更便于對細菌進行各種研究。設(shè)計一對引物，以16S rRNA為靶分子在適當條件下進行PCR擴增，便得到擴增后的16S rRNA片段，用鏈終止法或化學(xué)降解法對片段進行測序，序列與基因庫中的片段比對，便得知未知菌與基因庫中其他菌的相似性，從而完成對菌的鑒定。
16S rRNA遺傳分析是Meas Labs SGM質(zhì)量控制過程中的一個重要內(nèi)容。在SGM，從16S rRNA遺傳分析結(jié)果不僅對物種確認有價值，還可以用于驗證不同批次生物指示劑孢子的遺傳一致性。SGM認為細菌孢子的抗性性能與孢子內(nèi)的遺傳信息直接相關(guān)。SGM將嗜熱脂肪芽孢桿菌的五個單獨的孢子在不同的時間培養(yǎng)六個月，沒有產(chǎn)生可觀察到的遺傳變異，這點是保證SGM生物指示劑產(chǎn)品一致性的重要控制措施之一。
許多實驗室喜歡使用表型方法，如生化測試或脂肪酸分析以鑒定微生物。一些質(zhì)粒攜帶的表型特征會因為質(zhì)粒的丟失或增加而導(dǎo)致表型性狀的獲得或喪失。典型的例子是萎縮芽孢桿菌（B. atrophaeus ATCC 9372），該微生物最明顯的表型特征是在添加葡萄糖的瓊脂上可以形成橙色菌落，在添加酪氨酸的瓊脂上可以形成黑色菌落。因此，它最初的命名是Bacillus subtilis var niger strain globigii。然而，萎縮芽孢桿菌現(xiàn)在已經(jīng)失去了這些特征，在補充葡萄糖和酪氨酸的瓊脂上，菌落均為白色。所以，該菌的確認需要使用遺傳鑒定方法。
使用16S rRNA進行分析的遺傳技術(shù)被證明是最可靠的用于微生物鑒定的方法。 SGM的目標是為客戶提供最一致的生物指示劑產(chǎn)品。 用于生產(chǎn)SGM生物指示劑的每個孢子都是使用該方法進行確認的。 SGM Biotech實驗室培養(yǎng)了許多不同的種屬的細菌孢子，用于生物指標制造。常見的孢子形成菌包括用于監(jiān)測蒸汽和過氧化氫蒸氣滅菌的嗜熱脂肪芽孢桿菌ATCC 7953和ATCC 12980，用于監(jiān)測環(huán)氧乙烷和干熱滅菌的萎縮芽孢桿菌ATCC 9372，用于監(jiān)測輻射滅菌的短小芽孢桿菌ATCC 27142，用于監(jiān)測低溫蒸汽滅菌的凝結(jié)芽孢桿菌ATCC 51232、枯草芽孢桿菌“5230”ATCC 35021和生孢梭菌ATCC19404。