微生物菌肥施入土壤后，可以將貧瘠的土壤改造為肥沃的良田，使化肥利用率提高一倍；微生物可以構成農作物的“腸胃”，為作物提供關鍵營養(yǎng)，協助作物抵抗病蟲的侵害，確保作物茁壯生長和穩(wěn)定的增產效果。
1、微生物參與構成農作物的“腸胃”
根系、根基微生物和根際土壤一起組成了作物的“腸胃”，很多有益微生物與根系形成互補共生關系，在作物各種營養(yǎng)的轉化和吸收過程中發(fā)揮著主要作用，礦物質元素多數依靠微生物的活動變?yōu)樽魑锟晌盏臓顟B(tài)。
菌根真菌在土壤中為植物根系組建了一張龐大的互聯網絡，讓植物根系與土壤緊密相連，無數的樞紐為植物根系的吸收插上翅膀，幫助植物能更迅速的吸收養(yǎng)分和水分。
根瘤菌在植物根部組建一個個“氮工廠”名為根瘤，它們將空氣中的氮加工成可供植物吸收的氨態(tài)氮，源源不斷的輸送給植物。根瘤制造的氮肥天然無污染，對豆科植物生長有良好作用。
由此可見，微生物在農作物吸收、轉化土壤中的營養(yǎng)元素過程中起到至關重要的作用，是農作物當之無愧的“腸胃”。
2、微生物為農作物提供關鍵營養(yǎng)
微生物分解動物殘體，直到將其分解為無機物，然后這些無機物又重新被植物體所吸收利用?？茖W研究發(fā)現，微生物分解有機物的生命活動過程中可以產生很多有機小分子，這些有機小分子可以直接被作物吸收利用，對植物的生長起到了關鍵作用。
微生物的代謝產物如各種維生素、植物激素（生長素、赤霉素、細胞分裂素、脫落酸）等也均是有機小分子，它們對農作物的各種生長發(fā)育過程發(fā)揮著重要的促進和調節(jié)作用。如硅酸鹽細菌可以分泌促進植物生長的赤霉素、生長素和其它活性物質；固氮菌可以分泌維生素B1、維生素B2、維生素B12等多種維生素，這些生長刺激素對作物的生長發(fā)育有一定的調節(jié)和促進作用。 3、有益微生物協助抵抗病蟲侵害
科學研究發(fā)現，附著在農作物的根、徑、葉表面及其體內，一起生活的微生物有1000種以上，這些微生物絕大部分無害，其中很多對農作物有益，極少數微生物是病原菌。
農作物能夠與很多有益菌建立協作共生的關系，以菌根真菌舉例，這些真菌與農作物形成共生關系，根系分泌物為其提供部分養(yǎng)分，真菌在作物根系表面生成一層堅韌的菌膜，這保護了根系免遭病原菌侵染，真菌的分支很長，可以吸收更多營養(yǎng)與根系分享。
正常情況下，健康的農作物處于有益菌占據主導地位的微生物環(huán)境下，有益菌通過競爭食物和空間限制病原菌的生長，有些有益菌的分泌物可以直接抑制甚至殺滅病原菌，比如大名鼎鼎的青霉菌分泌的青霉素可以殺死病原菌。
只有在特定的條件下，病原菌才會侵染泛濫，尤其是農作物生存在惡劣的土壤環(huán)境時，根系發(fā)育不良，整體不健康，微生物平衡被破壞，這時最容易受到侵染。人們利用有益微生物可以構建對作物有益的環(huán)境，大大減少病蟲害，減少農民的煩惱。
具有四大特點：全面的分解能力、全面豐富的營養(yǎng)供應能力、促進作物生長、協助防控病蟲害。
多種營養(yǎng)功能菌組成后勤補給部隊，如乳酸菌、酵母菌、光合細菌； 多種分解功能菌組成綜合防御保障部隊，如地衣、巨大、枯草等多種好氧芽孢桿菌，多種厭氧解纖維芽孢菌。