常規(guī)鑒定
常規(guī)鑒定內(nèi)容有形態(tài)特征和生理生化特征。形態(tài)特征包括顯微形態(tài)和培養(yǎng)特征；理化特性包括營養(yǎng)類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應(yīng)、酶反應(yīng)等。
BIOLOG碳源自動分析鑒定
BIOLOG鑒定系統(tǒng)以微生物對不同碳源的利用情況為基礎(chǔ)，檢測微生物的特征指紋圖譜，建立與微生物種類相對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫。通過軟件將待測微生物與數(shù)據(jù)庫參比，得出鑒定結(jié)果。
分子生物學(xué)鑒定
應(yīng)用分子生物學(xué)方法從遺傳進化角度闡明微生物種群之間的分類學(xué)關(guān)系，是目前微生物分類學(xué)研究普遍采用的鑒定方法。一般可采用核酸序列分析法分析細菌16S rDNA/16S-23S rDNA區(qū)間序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科學(xué)的鑒定結(jié)果。
API細菌數(shù)值鑒定系統(tǒng)
API鑒定系統(tǒng)涵蓋15個鑒定系列，約有1000種生化反應(yīng)，目前已可鑒定超過600種的細菌。鑒定過程中，可根據(jù)細菌所屬類群選擇適當(dāng)?shù)纳砩b定系列，通過軟件將待測細菌與數(shù)據(jù)庫參比，得出鑒定結(jié)果。
功能性分析及功能基因
比如通過木聚糖酶、纖維素酶、葡萄糖異構(gòu)酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆進行菌種產(chǎn)酶的功能性分析。應(yīng)用gyrA、atpD及pheS等看家基因于微生物菌種鑒定，在某些種、亞種、株間有較好的分辨效果。
TLC薄層層析
TLC薄層層析主要應(yīng)用于細菌、放線菌細胞壁化學(xué)組分分析（氨基酸、糖），作為劃分屬特征的重要鑒定技術(shù)手段，起到了良好的輔助作用。
全細胞脂肪酸分析鑒定系統(tǒng)
采用Sherlock全自動細菌鑒定系統(tǒng)，通過對不同菌株的脂肪酸圖譜進行分析，并與標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫進行比對，來鑒定細菌及酵母。該技術(shù)是細菌或酵母種水平鑒定的有效手段之一。
（G＋C）mol％及DNA/DNA雜交
通過核酸蛋白分析儀測定Tm值，從而得到微生物菌株的（G＋C）mol％，并與模式菌株進行DNA/DNA同源性分析，該鑒定技術(shù)手段是多相鑒定的重要組成部分。
實時熒光定量PCR
實時熒光定量PCR儀是特異性靶基因檢測與定量的一體化系統(tǒng)，其將PCR熱循環(huán)、熒光檢測和各種應(yīng)用分析軟件結(jié)合在一起，可以動態(tài)觀察PCR每一循環(huán)各反應(yīng)管中PCR擴增產(chǎn)物逐漸增加的情況。根據(jù)熒光強度確定PCR產(chǎn)物的定量法主要有熒光染料（SYBR Green I）法和熒光探針（Taqman probes）法。與常規(guī)PCR相比，它具有特異性更強、有效解決PCR污染問題、自動化程度更高等特點。實時熒光定量PCR技術(shù)目前已得到廣泛應(yīng)用，包括基于相對定量分析的基因表達分析，以標(biāo)準(zhǔn)曲線為基礎(chǔ)的菌株絕對定量分析，定性的PCR擴增后核酸序列的SNP基因型分析，以及以陽性內(nèi)對照為基礎(chǔ)的陽性/陰性結(jié)果判定等。
微生物菌群分析（DGGE）
DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)，即變性梯度凝膠電泳，是根據(jù)DNA在不同濃度的變性劑中解鏈行為的不同而導(dǎo)致電泳遷移率發(fā)生變化，從而將片段大小相同而堿基組成不同的DNA片段分開。DGGE已廣泛用于分析自然環(huán)境中細菌、藍細菌、古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多樣性。這一技術(shù)能夠提供群落中優(yōu)勢種類信息并同時分析多個樣品，具有可重復(fù)和操作簡單等特點，適合于調(diào)查種群的時空變化，并且可通過對條帶的序列分析或與特異性探針雜交分析鑒定群落組成。
微生物菌群分析（克隆文庫構(gòu)建）
當(dāng)微生物菌群中含有不可培養(yǎng)或難培養(yǎng)菌種，且其豐度較低時，要全面解析菌群結(jié)構(gòu)及多樣性，只采用傳統(tǒng)的平板分離或PCR-DGGE分析難以達到理想結(jié)果，這時可以結(jié)合構(gòu)建16S rDNA 克隆文庫的方法。細菌16S rDNA擴增產(chǎn)物經(jīng)0.8％的瓊脂糖凝膠電泳，EB染色，在UV下顯現(xiàn)，從膠上切取DNA條帶，經(jīng)純化后，鏈接到pGEM-T Easy 載體，并轉(zhuǎn)化入大腸桿菌（Escherichia coli）。待長出白色菌落后，挑選白色菌落進行菌落PCR-DGGE（16S rDNA V3）輔助篩選，得到特定菌群中的所有克隆菌，再經(jīng)質(zhì)粒提取，基因測序后，便可得到特定微生物菌群信息。
細菌呼吸醌組分測定
細菌細胞膜上的呼吸醌有甲基萘醌（menaquinone，MK）和泛醌（ubiquinone，輔酶Q）。對革蘭氏陽性的放線菌而言，通常只含有甲基萘醌。常用來分析呼吸醌的方法有薄板層析法和高壓液相色譜法等。醌分子中的多烯側(cè)鏈長度及氫飽和度對于細菌具有重要的分類學(xué)意義。
細菌磷酸類脂分析
磷酸類脂（phospholipioides）屬極性脂（polar lipid），與蛋白質(zhì)、糖等構(gòu)成細胞膜，對于物質(zhì)運輸、代謝及維持正常的滲透壓都有重要作用。不同屬菌的磷酸類脂組分是不同的，它是鑒別屬的重要特征之一，是化學(xué)分類項目中不可缺少的分類指征。磷脂種類很多，對于放線菌而言，具有分類學(xué)意義的磷酸類脂有5種：磷脂酰乙醇胺（phosphatidyl ethanolamine，PE）、磷脂酰膽堿（phosphatidyl choline，PC）、磷脂酰甲基乙醇胺（phosphatidylmethyl ethanolamine，PME）、磷脂酰甘油（phosphatidy glycerol，PG）及GluNU（含葡萄糖胺未知結(jié)構(gòu)的磷脂，phospholipid of unknown structure containing glucosamine）。
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