顯微鏡是觀察細(xì)菌形態(tài)的必備儀器。分為光學(xué)顯微鏡和電子顯微鏡。光學(xué)顯微鏡有普通光學(xué)顯微鏡、暗視野顯微鏡、相差顯微鏡、熒光顯微鏡等。
1.不染色可以觀察細(xì)菌的動力及運(yùn)動等活體狀況，由于細(xì)菌的折光性不強(qiáng)，不能清楚的看到細(xì)菌的形態(tài)特征和結(jié)構(gòu)。
標(biāo)本的制作懸滴法、壓滴法和毛細(xì)管法，后者主要用于厭氧菌的動力觀察。用普通光學(xué)顯微鏡、暗視野顯微鏡或位相差顯微鏡觀察。
2.染色標(biāo)本的形態(tài)檢查
細(xì)菌的染色可能是由于毛細(xì)管現(xiàn)象和染料的滲透作用、染料的溶解和吸收作用使染料進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)，或由于電荷的吸附和結(jié)合使細(xì)菌著色。也可能與細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)的化學(xué)成分有關(guān)。此外細(xì)菌的染色性與細(xì)菌細(xì)胞膜的通透性、細(xì)胞結(jié)構(gòu)的完整性，以及培養(yǎng)基的種類、菌齡，染色液的離子強(qiáng)度、pH，染色溫度等密切相關(guān)。
醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中常用的染料：
酸性染料 細(xì)菌一般情況下都帶負(fù)電荷，故酸性染料一般不著色。如剛果紅、伊紅等。
堿性染料 細(xì)菌一般情況下都帶負(fù)電荷，因此能與細(xì)菌結(jié)合，細(xì)菌學(xué)檢查中常用此類染料。如美藍(lán)、結(jié)晶紫和堿性復(fù)紅等。
復(fù)合染料 如姬姆薩染料，是堿性和酸性染料的復(fù)合物。
單純?nèi)玖? 如蘇丹類染料，溶于脂肪溶劑中，不溶于水，化學(xué)親和力低。
3.染色方法
應(yīng)先制作細(xì)菌涂片。方法有單染色法和復(fù)合染色法。
（1）革蘭染色法 染液由革蘭結(jié)晶紫染液、革蘭碘液、95%酒精和稀釋石炭酸復(fù)紅（沙黃）組成。革蘭陽性菌為紫色，革蘭陰性菌呈紅色。
影響因素：涂片過厚將使脫色不完全，酒精脫色時間過長將導(dǎo)致過度脫色；染液儲存過久由于蒸發(fā)而影響濃度，特別是碘液久存或見光而形成碘酸，失去媒染作用；95%酒精如果密封不佳易揮發(fā)，失去脫色作用；細(xì)菌形態(tài)學(xué)檢查以對數(shù)生長期的細(xì)菌形態(tài)最為典型，菌齡過長易致陰性。
（2）抗酸染色法 染液由石炭酸復(fù)紅、3%鹽酸酒精和美藍(lán)組成?？顾峋始t色，非抗酸菌和細(xì)胞呈藍(lán)色。
本法主要用于結(jié)核分枝桿菌和麻風(fēng)分枝桿菌的檢查，每張載玻片上只能涂1份標(biāo)本，最好使用新玻片，否則必須徹底清洗干凈。染色使不得使用染色缸，吸水紙1片1張不得重復(fù)使用。脫色時間不得過短。為了防止實(shí)驗(yàn)室感染可將標(biāo)本先進(jìn)行高壓蒸氣滅菌，然后進(jìn)行抗酸染色。
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