在海洋環(huán)境中的作用。海洋堪稱為世界上最龐大的恒化器，能承受巨大的沖擊（如污染）而仍保持其生命力和生產(chǎn)力；微生物在其中是不可缺少的活躍因素。
自人類開發(fā)利用海洋以來，競爭性的捕撈和航?；顒?、大工業(yè)興起帶來的污染以及海洋養(yǎng)殖場的無限擴(kuò)大，使海洋生態(tài)系統(tǒng)的動態(tài)平衡遭受嚴(yán)重破壞。海洋微生物以其敏感的適應(yīng)能力和快速的繁殖速度在發(fā)生變化的新環(huán)境中迅速形成異常環(huán)境微生物區(qū)系，積極參與氧化還原活動，調(diào)整與促進(jìn)新動態(tài)平衡的形成與發(fā)展。從暫時(shí)或局部的效果來看，其活動結(jié)果可能是利與弊兼有，但從長遠(yuǎn)或全局的效果來看，微生物的活動始終是海洋生態(tài)系統(tǒng)發(fā)展過程中最積極的一環(huán)。
海洋中的微生物多數(shù)是分解者，但有一部分是生產(chǎn)者，因而具有雙重的重要性。實(shí)際上，微生物參與海洋物質(zhì)分解和轉(zhuǎn)化的全過程。
海洋中分解有機(jī)物質(zhì)的代表性菌群是：分解有機(jī)含氮化合物者有分解明膠、魚蛋白、蛋白胨、多肽、氨基酸、含硫蛋白質(zhì)以及尿素等的微生物；利用碳水化合物類者有主要利用各種糖類、淀粉、纖維素、瓊脂、褐藻酸、幾丁質(zhì)以及木質(zhì)素等的微生物。
此外，還有降解烴類化合物以及利用芬香化合物如酚等的微生物。海洋微生物分解有機(jī)物質(zhì)的終極產(chǎn)物如氨、硝酸鹽、磷酸鹽以及二氧化碳等都直接或間接地為海洋植物提供主要營養(yǎng)。微生物在海洋無機(jī)營養(yǎng)再生過程中起著決定性的作用。某些海洋化能自養(yǎng)細(xì)菌可通過對氨、亞硝酸鹽、甲烷、分子氫和硫化氫的氧化過程取得能量而增殖。在深海熱泉的特殊生態(tài)系中，某些硫細(xì)菌是利用硫化氫作為能源而增殖的生產(chǎn)者。
另一些海洋細(xì)菌則具有光合作用的能力。不論異養(yǎng)或自養(yǎng)微生物，其自身的增殖都為海洋原生動物、浮游動物以及底棲動物等提供直接的營養(yǎng)源。這在食物鏈上有助于初級或高層次的生物生產(chǎn)。在深海底部，硫細(xì)菌實(shí)際上負(fù)擔(dān)了全部初級生產(chǎn)。
在海洋動植物體表或動物消化道內(nèi)往往形成特異的微生物區(qū)系，如弧菌等是海洋動物消化道中常見的細(xì)菌，分解幾丁質(zhì)的微生物往往是肉食性海洋動物消化道中微生物區(qū)系的成員。某些真菌、酵母和利用各種多糖類的細(xì)菌常是某些海藻體上的優(yōu)勢菌群。微生物代謝的中間產(chǎn)物如抗生素、維生素、氨基酸或毒素等是促進(jìn)或限制某些海洋生物生存與生長的因素。某些浮游生物與微生物之間存在著相互依存的營養(yǎng)關(guān)系。如細(xì)菌為浮游植物提供維生素等營養(yǎng)物質(zhì)，浮游植物分泌乙醇酸等物質(zhì)作為某些細(xì)菌的能源與碳源。
由于海洋微生物富變異性，故能參與降解各種海洋污染物或毒物，這有助于海水的自凈化和保持海洋生態(tài)系統(tǒng)的穩(wěn)定。
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