微生物種群鑒定測序16S/18S/ITSd的介紹與方法！
小楊 / 2024-07-01 09:11:31
一、背景及概述
微生物種群鑒定測序（16S18SITS）是基于第二代高通量技術對16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列進行測序，能同時對樣品中的優(yōu)勢物種、稀有物種以及一些未知的物種進行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成以及它們之間的相對豐度。
探討微生物多樣性對于研究微生物與環(huán)境的關系、環(huán)境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
二、16SrDNA測序
16SrDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，具有10個保守區(qū)域和9個高變區(qū)域，其中保守區(qū)在細菌中差異不大，高變區(qū)具有屬和種的特異性，對16SrDNA某個高變區(qū)進行測序，用于研究環(huán)境微生物中細菌或古菌的群落多樣性。
18SrDNA測序：18SrDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，對18SrDNA某個高變區(qū)進行測序，用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落多樣性。
ITS測序：ITS分為兩個區(qū)域ITS1h和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進行測序，用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結構多樣性。
微生物種群鑒定測序（16S18SITS）方法是首先提取樣品中微生物總DNA，然后運用PCR技術擴增細菌基因組中的16SrDNA、真菌基因組中的18SrDNA或ITS區(qū)域，獲得絕大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可變區(qū)的擴增產物，并構建擴增產物的文庫，利用第二代測序平臺進行大規(guī)模高通量測序，然后比較分析測序數(shù)據(jù)，該方法最近幾年已廣泛應用于轉基因作物對土壤微生物群落多樣性影響的研究。
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