微生物查詢網(wǎng):提取噬菌體基因組的方法有多種,下面是按照Ando文章中的方法整理的噬菌體基因組提取方法,實(shí)驗(yàn)的時(shí)候可以參考。
1、按0.1-0.01的感染復(fù)數(shù)(MOI)將噬菌體接種到200ml對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的菌液,培養(yǎng)至菌液變澄清。
2、按1%的比例(v/v)加入氯仿,37°C振蕩30min,裂解菌體。
3、裂解后的菌液于8000g離心5min,然后用0.22μm孔徑濾膜過(guò)濾。
4、濾液中加入216μl緩沖液L1(20mg/ml RNase A,6mg/ml DNase I,0.2mg/mL BSA,10mM EDTA,100 mM Tris-HCl和300 mM NaCl,pH 7.5),在37°C輕輕振蕩1小時(shí)。
5、然后加入30ml冰冷的緩沖液L2(30%聚乙二醇(PEG)6000,3M NaCl),4°C放置過(guò)夜。
6、4°C 10000g離心30分鐘。
7、棄上清,沉淀用用9ml緩沖液L3(100mM Tris-HCl,100mM NaCl,25mM EDTA,pH7.5)重懸。
8、然后加入9ml緩沖液L4(4% SDS),70°C孵育20min。
9、冰浴冷卻后,加入9ml緩沖液L5(2.55 M醋酸鉀,pH 4.8),4°C 10000g離心30min。
10、上清液用核酸提取純化試劑盒(如QIAGEN-tip 100)提取噬菌體基因組DNA。
參考文獻(xiàn):
Ando H, et al. Engineering Modular Viral Scaffolds for Targeted Bacterial Population Editing. Cell Systems 2015,1(3): 187-196.
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