一、傳代保存法：
有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養(yǎng)保存法。傳代培養(yǎng)就是要定期地進行菌種轉接、培養(yǎng)后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產菌種的保存。傳代保存時，培養(yǎng)基的濃度不宜過高，營養(yǎng)成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養(yǎng)溫度通常以稍低于最適生長溫度為好。若為產酸菌種，則應在培養(yǎng)基中添加少量碳酸鈣。
二、液體石蠟覆蓋保存法：該法較前一種方法保存菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達到削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡便的優(yōu)點，同時也適用于不宜冷凍干燥的微生物(如產孢能力低的絲狀菌)的保存，而某些細菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜采用此法進行保存。
三、冷凍保存法：適用于抗凍力強的微生物。這些微生物可在其菌體細胞外遭受凍結的情況下而不受損傷
四、懸液保存法：即使微生物混懸于適當溶液中進行保存的方法
五、寄主保存法：即令微生物侵入其寄主后加以保存的方法。用于目前尚不能在人工培養(yǎng)基上生長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們必須在生活的動物、昆蟲、雞胚內感染并傳代，此法相當于一般微生物的傳代培養(yǎng)保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法與冷凍干燥保藏法進行保藏。
六、載體保存法：即將微生物吸附在適當載體上進行干燥保存的方法 如：砂土保存法，土壤保存法及硅膠保存法。
七、冷凍干燥保存法：其原理是首先將微生物冷凍，然后在減壓下利用升華現象除去水分。事實上，從菌體中除去大部分水分后，細胞的生理活動就會停止，因此可以達到長期維持生命狀態(tài)的目的。該方法適用于絕大多數微生物菌種(包括噬菌體和立克次氏體等)的保存。
八、甘油管保藏法：在5ml菌種保藏管中，將等體積的菌懸液和40%的甘油充分混勻后，于-20℃冰箱中保存。