目前已記載過的微生物種數(shù)已超過20萬，且這一數(shù)字還在急劇增加著。當前，以基因組測序和分子生物學為基礎(chǔ)的微生物進化規(guī)律和親緣關(guān)系已越來越清楚，從而把傳統(tǒng)上以形態(tài)、生理等表型特征為基礎(chǔ)的經(jīng)典微生物分類學的新水平。微生物分類學的具體任務(wù)有3個，即對微生物進行分類、鑒定和命名。
微生物在種以上的系統(tǒng)分類單元也與其他生物一樣被分成7級，即界、門、綱、目、科、屬種。由于三域?qū)W說已被學術(shù)界公認，所以在最新的細菌分類系統(tǒng)中，原有的“界”已用“域”取代，種是基本分類單元，在 微生物中，他必須以一個活的典型菌株作為代表，以便交換和對比，這就是模式種或模式菌種。每個種都必須有一個公認的學名，它是由拉丁名或拉丁化的詞組成。學名一般以雙名法構(gòu)成，也有三名法的。由于每種微生物都由無數(shù)的具體菌株所組成，而菌種間在許多非分類學特性狀上常存在顯著差別，因此，菌株的概念和其名稱在微生物學工作中顯得特別重要，它幾乎成了學名中不可缺少的補充。
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