菌種鑒定常采用以下分離方法：
子實(shí)體分離：種菇要選朵大蓋厚，柄短，八九分成熟的優(yōu)良品種。切去菇兩基部，在無菌箱內(nèi)以0.1％的升汞水浸幾分鐘，再用無菌水沖洗并揩干或用75％酒精棉球擦拭菌蓋與菌柄2次，進(jìn)行表面消毒。接種時(shí)，只要將種菇撕開，在萌蓋和菌柄交界處或菌褶處，挑取一小塊組織；移接 到PDA培養(yǎng)基上。置25℃左右溫度下培養(yǎng)3-5天，就可以看到組織上產(chǎn)生白色絨毛狀菌絲，轉(zhuǎn)管擴(kuò)大即得到菌種。如香菇、平菇等可以用此方法。
食用菌生產(chǎn)所用的菌種，是提供繁殖而分級(jí)制作的菌絲體培養(yǎng)物，相當(dāng)于高等植物的種子。在自然界中，食用菌繁衍后代依靠孢子，孢子在適宜的環(huán)境下，萌發(fā)成菌絲體。菌絲體生長繁衍達(dá)到生理成熟后，在適宜的環(huán)境下，就可形成子實(shí)體。在人工栽培食用菌時(shí)，孢子雖然是它的種子，但人們至今都不用孢子直接播種，而是用孢子或子實(shí)體組織萌發(fā)而成的純菌絲體作為播種材料。因此，通常所指的菌種，實(shí)際上是經(jīng)過人工培養(yǎng)并進(jìn)一步繁殖的食用菌的純菌絲體。
菌核分離：茯苓、豬苓、雷丸等菌的子實(shí)體不易采集。而常見的是它貯藏營養(yǎng)的菌核。用菌核分離，同樣可以獲得菌種。方法是將菌核表面洗凈，用酒精或升汞消毒后，切開菌核，取中間組織一小塊，約黃豆大小，接種在PDA 培養(yǎng)基斜面上，保溫培養(yǎng)。應(yīng)注意的是，菌核是貯藏器官，大部分是多糖類物質(zhì)，只含有少量的菌絲，因此挑取的組織塊要大一些，如果組織塊過小，則不易分出菌種。
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