保藏食用菌菌種的方法很多，常采用控制溫度、水活度、氧氣和營養(yǎng)等因素的方法，最大限度降低或抑制食用菌菌絲體的生長從而達到菌種保藏的目的。首先要挑選優(yōu)良的純菌種，包括菌絲體和孢子；其次，根據(jù)其生理、生化特點，人為的創(chuàng)造低溫、干燥或缺氧等條件，抑制菌絲體的代謝作用，使其生命活動降低或處于休眠狀態(tài)，從而延長菌種生命以及使菌種保持原有的性狀，防止變異。
1，利用菌絲體保存的方法
① 瓊脂斜面低溫保藏 將要保藏的菌種接種在PDA斜面培養(yǎng)基上培養(yǎng)，在28～32℃下培養(yǎng)，待菌絲體長滿斜面時，把試管的棉塞換成無菌橡皮塞，并用石蠟封口，置于4℃的冰箱低溫保藏，每隔2～4個月轉(zhuǎn)管1次。該種方法保藏的菌種不易老化，生命力強，接種后萌發(fā)快，能保持優(yōu)良性狀，但轉(zhuǎn)接周期短，污染風(fēng)險大，且菌株易變異，易造成菌株衰退。
?、?液體石蠟常溫保藏法 此法亦稱礦物油保藏法。先將化學(xué)純石蠟油（無色、透明的黏稠液體）裝于三角瓶中，塞上棉塞并用牛皮紙包裹，放入高壓鍋中滅菌30min，然后置于40℃的恒溫箱中，讓水分蒸發(fā)至完全透明后備用，使用前先將石蠟油做無菌檢查。在無菌條件下，用無菌吸管將無菌石蠟油注入已長好的斜面試管中，用量以高出斜面頂端1cm為宜，目的是使菌種與空氣隔絕，阻止水分蒸發(fā)，降低細胞的生長代謝活動，然后用蠟封口后，直立放入室內(nèi)干燥處。15～25℃，可以保藏菌種5年。該方法的優(yōu)點是成本較低，保藏時間較長，長達數(shù)年甚至幾十年；缺點是轉(zhuǎn)接培養(yǎng)較慢，往往需要轉(zhuǎn)接培養(yǎng)2～3次，才能除去菌絲體上的液體石蠟，使菌種恢復(fù)正常生長。
?、?蒸餾水保藏法 蒸餾水保藏方法適用于絕大多數(shù)食用菌菌種保藏。該法是用無菌蒸餾水保存食用菌菌絲體，過程為：用移液器吸取4mL無菌蒸餾水注入無菌安瓶中，將發(fā)育成熟的菌落用無菌接種針挑取數(shù)塊放入安瓶中，加蓋密封，室溫保存。據(jù)報道，真菌用蒸餾水保藏可保存1～20年，而且菌株污染少。
?、?鹽水保藏法 食鹽溶液具有高滲透性，對雜菌孢子的萌發(fā)具有較強的抑制和殺滅作用，從而減少或避免保藏期間菌種的污染；同時，食鹽中含有食用菌生長所必需的鈉、鎂、鈣等金屬離子，對菌絲的生長有促進作用，轉(zhuǎn)管后，由于水勢差，接種菌株吸水能力強，易恢復(fù)，成活率較高。以液體培養(yǎng)的菌絲體作為保藏體，用無菌鹽水作為保藏液。將需保藏的菌種，接入PDA液體培養(yǎng)液中，震蕩培養(yǎng)5～7d，將菌絲球移入裝有5mL無菌生理鹽水的試管中，每管接入4～5個菌絲球，塞上橡皮塞，并用石蠟封口，置室溫或冰箱里保藏。
2，利用孢子保存菌種的方法
① 濾紙片保藏法 取白色（收集深色的孢子）或黑色（收集淺色的孢子）濾紙，剪成4.0cm×0.8cm的小紙條，121℃下高溫滅菌30min。真菌孢子采用鉤懸法收集。將載有孢子的濾紙條放入無菌試管中，用白膠塞封口，再將試管放入干燥器中1～2d，除去濾紙水分，最后低溫保藏。保存期可達2～10年。轉(zhuǎn)接培養(yǎng)時，將濾紙條取出，放在適宜的培養(yǎng)基上培養(yǎng)，即可培養(yǎng)出所需要的菌種。
?、?沙土管保藏法 取河沙用蒸餾水浸泡洗滌數(shù)次，過60目篩除去粗粒，加1%稀鹽酸煮沸30min，再用水沖洗至pH達到中性，烘干備用。同時，取非耕作層的土壤，用蒸餾水反復(fù)沖洗至pH中性，烘干碾細，過100目篩，將處理好的沙、土按2～4∶1混勻，然后分裝到小試管（0.5g每管），高壓滅菌1h，待無菌檢驗合格后才可使用。將已形成孢子的斜面菌種，在無菌條件下注入無菌去離子水3mL，制成菌懸液，再用無菌吸管吸取菌液滴入砂土管中，以浸透砂土為止。將接種后的沙土管放入盛有干燥劑的真空干燥器直至沙土干燥。干燥的沙土管用無菌勺子搗松并每個菌種抽取1支接于斜面培養(yǎng)基上，進行培養(yǎng)，觀察生長情況。檢查無雜菌生長，則將制備好的沙土管用石蠟封口放入冰箱，在低溫下可保藏2～10年。真空干燥操作須在孢子接入后48h內(nèi)完成，以免孢子萌發(fā)。
3，其它保藏方法
① 冷凍干燥保藏法 1945年Raper & Alexander首次報道應(yīng)用冷凍干燥保藏產(chǎn)孢真菌，后來該方法被菌種保藏機構(gòu)應(yīng)用。這種方法是采用真空、干燥、低溫等手段，使菌種新陳代謝活動處于相對靜止?fàn)顟B(tài)，在低溫下快速冷凍，又在低溫下真空干燥，從而使菌種細胞結(jié)構(gòu)與成分保持原來狀態(tài)。對于真菌孢子來說，冷凍干燥是一種方便的長期保藏方法，但菌絲體不適宜該法保藏。目前，僅有Pertot等報道Claviceps spp.菌絲可經(jīng)過冷凍干燥保藏后復(fù)活。
該方法的過程是將安瓿瓶用2%的鹽酸浸泡10～12h，用蒸餾水沖洗干凈后再用蒸餾水浸泡至pH呈中性，干燥后置于高壓鍋滅菌45min，烘干備用。將已生長好的孢子懸浮于無菌的脫脂奶制成濃菌液，將菌液無菌操作分裝于準(zhǔn)備好的安瓿瓶中，每支安瓿瓶分裝0.2mL。分裝好的安瓿瓶放入低溫冰箱中冷凍，然后將冷凍后的安瓿瓶置于冷凍干燥箱內(nèi)，冷凍干燥8～20h后用真空泵抽真空，并在真空狀態(tài)下熔封安瓿瓶。菌種凍干之后在4℃下可以保藏20多年。
?、?液氮超低溫保藏液法 1960年Hwang首次將此技術(shù)應(yīng)用于真菌的保藏。根據(jù)液氮罐的構(gòu)造類型，液氮超低溫保藏液法可分為隔氮式和浸氮式。其中，隔氮式是將保藏物保藏于氣相中，保藏溫度一般在-135℃左右，而浸氮式是將保藏物保藏在液氮的液面之下，保藏溫度為-196℃。
液氮超低溫保藏方法能使食用菌菌絲的一切生長代謝活動均停止，從而能避免菌種變異。液氮超低溫保藏技術(shù)有3個關(guān)鍵因素影響真菌保藏效果，一是降溫速率控制，理論上保藏前的降溫速率控制越慢越好，1℃/min的降溫速率適合大多數(shù)真菌的保藏。二是復(fù)活過程中保藏物是否能快速升溫到最適溫度，目前處理的方法是將保藏的凍存管快速置于37～45℃的水浴鍋中，放置1～2min。三是保護劑的種類和濃度的選擇，常用的保護劑有甘油、二甲基亞砜（DMSO）等。
?、?玻璃化技術(shù) 玻璃化保藏技術(shù)可能是食用菌菌種保藏的一個未來發(fā)展方向。玻璃化技術(shù)實質(zhì)就是讓水分子處于一種類似于固體狀態(tài)而不發(fā)生結(jié)晶，可以通過空氣干燥、化學(xué)物質(zhì)干燥蒸發(fā)水分，滲透液脫水、海藻鹽包裝脫水、化學(xué)保護劑等手段實現(xiàn)玻璃化。通過玻璃化法降溫保存細胞時，細胞內(nèi)外的水都不形成冰晶，細胞結(jié)構(gòu)不會受到機械損傷的破壞。此外，在恢復(fù)培養(yǎng)過程中應(yīng)注意避免晶狀體破碎和及時洗去對真菌有毒的玻璃化溶液。Ryan等報道了應(yīng)用此法成功保藏一些真菌，如：Flammulina、Boletus、Mycena等屬的一些菌種，而對Phytophthora、Saprolegnia保藏的檢測結(jié)果是全部死亡，與常規(guī)應(yīng)用的一些方法相比，高濃度玻璃化溶液對大多數(shù)真菌是有毒的，不利于真菌菌株的長期保藏。
?、?固定化技術(shù) 固定化保藏技術(shù)是將真菌菌株先包裹在藻酸鈣中并進行超低溫保藏的一種保藏技術(shù)。其基本過程如下，制備真菌孢子或菌絲的藻酸鹽懸浮液；將藻酸鈣溶液滴入藻酸鹽的懸浮液，此時真菌孢子或菌絲體會包裹在形成的藻酸鈣的小球中，放置一段時間；將菌絲或孢子小球轉(zhuǎn)移到高滲溶液中進行脫水；最后按照真菌保藏的一些常規(guī)方法保藏菌種，如蒸餾水保藏、液體石蠟常溫保藏、液氮超低溫保藏等。Smith等建議該保藏技術(shù)可應(yīng)用于一些擔(dān)子菌、卵菌以及一些不產(chǎn)孢真菌的保藏。
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