11.Neoplasia：“益生菌”促進(jìn)癌癥免疫療法治療效果
最近，來自Harold C. Simmons癌癥綜合研究中心的研究者們針對(duì)惡性黑色素瘤患者的研究成果表明，腸道內(nèi)存在特定微生物的患者會(huì)對(duì)癌癥免疫療法產(chǎn)生較好的反應(yīng)。他們通過對(duì)39名接受免 疫療法的癌癥患者的腸道微生物進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)其中一類微生物的含量與患者接受免疫治療之后的反應(yīng)存在明顯的相關(guān)性。
在這項(xiàng)研究中，研究者們發(fā)現(xiàn)Spurr先生的腸道微生物組中存在一些有益的細(xì)菌。經(jīng)過分析，研究者們鑒定出了具體的細(xì)菌類型：Bacteroides thetaiotaomicron、Faecalibacterium prausnitzii和Holdemania filiformis。
12.Cell：揭示腸道微生物組與自身免疫疾病存在關(guān)聯(lián)
如今，在一項(xiàng)新的研究中，Santamaria和卡明醫(yī)學(xué)院的Kathy McCoy博士及其團(tuán)隊(duì)揭示出腸道微生物組中的一種調(diào)節(jié)促炎性細(xì)胞和抗炎性細(xì)胞的新機(jī)制。McCoy說，“我們發(fā)現(xiàn)由被稱作擬桿菌（Bacteroides）的腸道細(xì)菌表達(dá)的一種蛋白快速地招募白細(xì)胞來殺死一種導(dǎo)致炎癥性腸?。╥nflammatory bowel disease, IBD）的免疫系統(tǒng)細(xì)胞，從而阻止IBD發(fā)生。我們認(rèn)為這種機(jī)制可能有助阻止大多數(shù)人患上IBD?！?br />
然而，這種被稱作整合酶（integrase）的蛋白招募白細(xì)胞的方法有一個(gè)缺點(diǎn)。Santamaria說，“在一些人中，這些白細(xì)胞對(duì)導(dǎo)致IBD的細(xì)菌的存在作出過度反應(yīng)。導(dǎo)致IBD等問題的原因不是這些細(xì)菌本身，而是這種蛋白觸發(fā)免疫系統(tǒng)產(chǎn)生的嚴(yán)重反應(yīng)。這些相同的過度活化的白細(xì)胞也是導(dǎo)致糖尿病等其他的自身免疫疾病的細(xì)胞。這一發(fā)現(xiàn)證實(shí)了腸道微生物組對(duì)免疫系統(tǒng)的影響，并發(fā)現(xiàn)了腸道微生物組變化能夠增加自身免疫疾病風(fēng)險(xiǎn)的新機(jī)制。盡管我們專門研究IBD，但是腸道中的多種蛋白可能通過類似的機(jī)制促進(jìn)其他的自身免疫疾病產(chǎn)生?！?br />
13.PNAS：年齡與腸道微生物影響多發(fā)性硬化疾病惡化
最近，來自Rutgers大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究者們發(fā)現(xiàn)年輕時(shí)腸道微生物會(huì)影響多發(fā)性硬化的發(fā)生與發(fā)展。這項(xiàng)研究結(jié)果發(fā)表在最近一期的《PNAS》雜志上，文章的作者是來自神經(jīng)學(xué)系的博士后研究員Sudhir Yadav博士以及副教授Kouichi Ito博士。由于小鼠在自然條件下并不會(huì)出現(xiàn)多發(fā)性硬化的癥狀，因此作者等人構(gòu)建了多發(fā)性硬化的小鼠模型，并且用于研究多發(fā)性硬化的發(fā)生因素。
首先，作者發(fā)現(xiàn)這類遺傳突變的小鼠在無菌的環(huán)境下并不會(huì)出現(xiàn)多發(fā)性硬化的癥狀，而在有菌的正常環(huán)境中則會(huì)產(chǎn)生類似于多發(fā)性硬化的表型，這表明腸道微生物對(duì)于誘發(fā)多發(fā)性硬化具有重要的作用。此外，他們還發(fā)現(xiàn)腸道微生物與多發(fā)性硬化之間的相關(guān)性，這一相關(guān)性在幼年時(shí)期最為明顯?？傊?，這項(xiàng)研究首次發(fā)現(xiàn)了腸道微生物丟誘發(fā)免疫系統(tǒng)的變化，進(jìn)而導(dǎo)致多發(fā)性硬化疾病發(fā)生的機(jī)制。
14.Nature：重大突破！利用定量微生物組譜計(jì)算你的健康
量的代謝疾病和炎性疾病與腸道微生物組的組成和代謝潛力發(fā)生變化相關(guān)聯(lián)。到目前為止，基于測(cè)序的腸道菌群研究已從微生物組組成的比例變化角度描述了這些腸道菌群失調(diào)（dysbiotic）狀態(tài)。然而，在一項(xiàng)新的研究中，比利時(shí)魯汶大學(xué)的Jeroen Raes教授和他的團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，當(dāng)涉及腸道細(xì)菌含量及其與健康的關(guān)系時(shí)，不僅腸道細(xì)菌的比例比較重要，而且它們的數(shù)量也比較重要。他們還證實(shí)他們開發(fā)出的一種新方法能夠快速地和準(zhǔn)確地確定糞便樣品中的細(xì)菌載量。相關(guān)研究結(jié)果于2017年11月15日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load”。
Raes教授說，“我們開發(fā)出的這種方法是對(duì)糞便樣品中的細(xì)菌細(xì)胞平行開展微生物組測(cè)序和流式細(xì)胞計(jì)數(shù)。這兩種工作流程的結(jié)合使我們能夠產(chǎn)生真實(shí)的以每克樣品中含有的細(xì)菌細(xì)胞數(shù)量而不是它們所占的比例進(jìn)行表達(dá)的定量微生物組譜（Quantitative Microbiome Profiling）。”
Raes教授說，“到目前為止，比例分析方法一直是微生物組研究的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，如果缺乏定量數(shù)據(jù)，比例數(shù)據(jù)不能夠告訴你一種特定的細(xì)菌在特定條件下是否真正地變得更加豐富。比例增加可能也只是提示著這種感興趣的細(xì)菌物種僅是維持它的初始水平，而所有其他分類學(xué)中的細(xì)菌都在下降。這就使得將微生物組數(shù)據(jù)與定量健康參數(shù)相關(guān)聯(lián)在一起并推斷疾病機(jī)制比較困難。通過定量微生物組譜，我們朝解決這個(gè)問題的目標(biāo)又接近了一步?！?br />
15.Nature：腸道有益細(xì)菌可阻止高鹽飲食誘導(dǎo)的高血壓
在一項(xiàng)新的研究中，來自美國(guó)麻省理工學(xué)院、德國(guó)馬克斯-德爾布呂克分子醫(yī)學(xué)中心和弗里德里希-亞歷山大大學(xué)的研究人員在小鼠和人類中發(fā)現(xiàn)高鹽飲食會(huì)降低某種有益細(xì)菌的數(shù)量。結(jié)果就是被稱作Th-17的促炎性免疫細(xì)胞的數(shù)量增加了。相關(guān)研究結(jié)果于2017年11月15日在線發(fā)表在Nature期刊上，論文標(biāo)題為“Salt-responsive gut commensal modulates TH17 axis and disease”。論文通信作者為麻省理工學(xué)院微生物組信息學(xué)與治療學(xué)中心主任Eric Alm教授和馬克斯-德爾布呂克分子醫(yī)學(xué)中心的Dominik Muller。
在這項(xiàng)新的研究中，這些研究人員組成一個(gè)研究團(tuán)隊(duì)旨在確定高鹽飲食如何影響腸道微生物組，以及腸道微生物組發(fā)生的變化是否可能與這種飲食對(duì)健康的有害影響存在關(guān)聯(lián)。相比于給小鼠喂食的正常飲食（含0.5%的食鹽），這些研究人員給小鼠喂食高鹽飲食（含4%的食鹽）兩周的時(shí)間。他們發(fā)現(xiàn)這種飲食導(dǎo)致一種被稱作鼠乳桿菌（Lactobacillus murinus）的有益細(xì)菌數(shù)量下降。這些小鼠也具有更多的Th-17細(xì)胞數(shù)量，而且它們的血壓增加了。當(dāng)給具有高血壓的小鼠服用含有鼠乳桿菌的益生菌時(shí)，它們的Th17細(xì)胞數(shù)量下降了，而且它們的高血壓也下降了。
通過研究12名人類受試者，這些研究人員發(fā)現(xiàn)在兩周的時(shí)間里，往這些受試者的飲食中每天添加6mg食鹽也會(huì)改變腸道細(xì)菌的組成。乳酸桿菌的數(shù)量下降了，而且這些受試者的血壓和Th-17細(xì)胞數(shù)量上升了。
16.npj Bio Microbio：震驚！腸道微生物組或會(huì)讓癌癥化療藥物對(duì)患者產(chǎn)生毒性影響！
日前，一篇刊登在國(guó)際雜志npj Biofilms and Microbiomes上的研究報(bào)告中，來自愛因斯坦醫(yī)學(xué)院的研究人員通過研究發(fā)現(xiàn)，人類腸道菌群組成或能幫助解釋為何某些人在攝入治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的關(guān)鍵藥物后會(huì)遭受危及生命的機(jī)體反應(yīng)。
研究者Libusha Kelly教授解釋道，我們都知道，人類機(jī)體的遺傳組成能夠影響其對(duì)藥物的反應(yīng)，如今研究人員也越來越清楚，機(jī)體腸道微生物組的變化或會(huì)影響機(jī)體對(duì)療法產(chǎn)生的效應(yīng)。伊立替康是一種治療擴(kuò)散或轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的三種一線藥物中的一種，然而，接受伊立替康治療的40%患者都會(huì)經(jīng)歷嚴(yán)重的腹瀉，從而使得患者需要住院治療甚至引發(fā)患者死亡，你可以想象一下，當(dāng)某些病人病情很重時(shí)，給與患者會(huì)引發(fā)腸道問題的療法會(huì)使得患者非常困難，與此同時(shí)，藥物伊立替康也是一種治療癌癥的重要藥物。
研究者Kelly及其同事調(diào)查了是否機(jī)體腸道微生物組的組成會(huì)影響藥物伊立替康是否會(huì)被再度激活，研究者收集了20名健康個(gè)體的糞便樣本，并利用失活的藥物伊立替康來處理這些樣本，隨后利用代謝物組學(xué)技術(shù)，研究人員根據(jù)是否這些樣本能夠?qū)λ幬镞M(jìn)行代謝或再度激活來對(duì)這些糞便樣本進(jìn)行分類，其中發(fā)現(xiàn)4份樣本具有較高的代謝特性，而其余16份樣本具有較低的代謝特性。
隨后研究人員對(duì)兩組參與者的糞便樣本進(jìn)行研究，分析其微生物組組成的差異，重點(diǎn)關(guān)注β-葡糖醛酸糖苷酶的存在，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，相比較低代謝特性的微生物組而言，具有較高代謝特性的微生物組含有較高水平的三種類型的β-葡糖醛酸糖苷酶（此前并未報(bào)道）。研究者Kelly說道，我們假設(shè)，如果給予伊立替康進(jìn)行治療，具有較高代謝特性的個(gè)體或許出現(xiàn)副作用的風(fēng)險(xiǎn)較高，但我們就需要不斷檢測(cè)癌癥患者機(jī)體的微生物組。
17.Nature：揭秘地球微生物組計(jì)劃
地球微生物組計(jì)劃（Earth Microbiome Project）的目標(biāo)是盡可能多地對(duì)地球微生物群落進(jìn)行取樣，以便促進(jìn)人們對(duì)微生物及其與包括植物、動(dòng)物和人類在內(nèi)的環(huán)境之間的關(guān)系的理解。這一任務(wù)需要來自世界各地的科學(xué)家的幫助。到目前為止，這一計(jì)劃已覆蓋了從北極到南極的七大洲和43個(gè)國(guó)家，而且有超過500名研究人員為樣品和數(shù)據(jù)收集作出了貢獻(xiàn)。這一計(jì)劃的成員正在使用這種信息作為大約100項(xiàng)研究的一部分，其中一半的研究已在同行評(píng)審的期刊上發(fā)表。
地球微生物組計(jì)劃的成員通過對(duì)16S rRNA基因進(jìn)行測(cè)序，分析了不同環(huán)境、地理位置和化學(xué)反應(yīng)中的細(xì)菌多樣性。16S rRNA基因是細(xì)菌和古生菌的特異性遺傳標(biāo)記，可作為“條形碼”鑒定出不同類型的細(xì)菌，從而允許研究人員在來自全世界的樣品中追蹤它們。這一計(jì)劃的研究人員也利用一種新的方法消除這些數(shù)據(jù)中的測(cè)序錯(cuò)誤，使他們能夠更加準(zhǔn)確地了解這些微生物組中獨(dú)特序列的數(shù)量。
在第一次公布的數(shù)據(jù)中，地球微生物組計(jì)劃的研究人員鑒定出大約30萬個(gè)獨(dú)特的微生物16S rRNA序列，其中將近90%在現(xiàn)有的數(shù)據(jù)庫中找不到精確匹配的序列。