微生物肥料之所以好又貴，主要是因為其所含的菌種，那么它都有哪些菌種以及菌種的作用：
枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。
地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌。
側孢芽孢桿菌：促根、殺菌及降解重金屬。
膠質芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。
涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。
菌根真菌：擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收范圍外的元素（特別是磷）的吸收能力。
放線菌：拮抗病原菌防病壯菌的作用，分泌細胞分裂素促進作物的生長。
乳酸菌群：具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解，能夠分解在常態(tài)下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發(fā)酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產(chǎn)生的致病菌增殖。
酵母菌群：合成促進根系生長及細胞分裂的活性化物質，促進其它有效微生物增殖所需要的基質（食物）提供重要的給養(yǎng)保障
EM菌：由雙岐菌、乳酸菌、芽孢桿菌（地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、膠質芽孢桿菌、蘇云金芽孢桿菌等）、光合細菌、酵母菌、放線菌、醋酸菌等單一菌種經(jīng)特殊工藝單獨擴培、發(fā)酵、噴霧干燥而成的高效復合微生物菌種。