一、背景
頭狀葡萄球菌PCR試劑盒是一種用于檢測頭狀葡萄球菌的專用試劑盒，它采用PCR（聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）技術(shù)，通過對頭狀葡萄球菌的特異性基因進(jìn)行擴(kuò)增，從而快速、準(zhǔn)確地檢測出樣品中是否存在頭狀葡萄球菌。
頭狀葡萄球菌PCR試劑盒的組成通常包括PCR反應(yīng)液、引物、探針等，其中PCR反應(yīng)液是核心成分，包含了PCR反應(yīng)所需的各種酶和緩沖液等。引物和探針則是針對頭狀葡萄球菌特異性基因設(shè)計(jì)的，用于擴(kuò)增和檢測該菌種的特定基因片段。
使用頭狀葡萄球菌PCR試劑盒進(jìn)行檢測時，需要按照說明書上的操作步驟進(jìn)行，通常包括樣品處理、PCR反應(yīng)液的配制、PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物檢測等步驟。在PCR反應(yīng)中，需要控制好反應(yīng)溫度、時間、循環(huán)次數(shù)等參數(shù)，以確保擴(kuò)增的特異性和敏感性。
二、頭狀葡萄球菌PCR試劑盒具有以下特點(diǎn)
1、靈敏度高：能夠檢測到非常低濃度的頭狀葡萄球菌DNA。
2、特異性強(qiáng)：能夠準(zhǔn)確區(qū)分頭狀葡萄球菌和其他常見病原體。
3、操作簡便：只需要將樣本加入到酶標(biāo)板中，加入PCR反應(yīng)液和DNA提取液，經(jīng)過一定時間的反應(yīng)后即可得到結(jié)果。
頭狀葡萄球菌PCR試劑盒廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、食品安全等領(lǐng)域，可以用于檢測食品、水體、土壤等樣本中是否存在頭狀葡萄球菌的污染。
三、應(yīng)用
頭狀葡萄球菌PCR試劑盒可以用于頭狀葡萄球菌和表皮葡萄球菌臨床株對利奈唑胺耐藥的分子機(jī)制及其同源性研究：
探討頭狀葡萄球菌和表皮葡萄球菌臨床株對利奈唑胺耐藥的分子機(jī)制及其同源性,為醫(yī)院感染的預(yù)防和控制及抗生素的合理使用提供依據(jù)。
方法：35株葡萄球菌收集自7所教學(xué)醫(yī)院的住院患者,包括30株頭狀葡萄球菌(28株對利奈唑胺耐藥,2株對利奈唑胺敏感)和5株對利奈唑胺耐藥的表皮葡萄球菌。通過梅里埃Vitek-2 Compact系統(tǒng)對菌株重新鑒定和藥敏試驗(yàn)。利奈唑胺耐藥cfr和optrA基因則通過頭狀葡萄球菌PCR試劑盒擴(kuò)增和產(chǎn)物測序確定。脈沖場凝膠電泳(PFGE)和多位點(diǎn)序列分型(MLST)檢測菌株之間的同源性。S1核酸內(nèi)切酶脈沖場凝膠電泳(S1-PFGE)檢測菌株攜帶的質(zhì)粒數(shù)目和大小?；贗llumina和PacBio RSⅡ(SMRT)測序平臺,對分離自不同醫(yī)院攜帶cfr基因的部分菌株進(jìn)行全基因組測序,然后利用ResFinder和ISFinder等軟件對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。染色體和質(zhì)粒結(jié)構(gòu)分析圖采用InkScape0.48.1軟件繪制。
結(jié)果：
①對利奈唑胺耐藥的28株頭狀葡萄球菌和5株表皮葡萄球菌對青霉素、紅霉素、環(huán)丙沙星、左氧氟沙星和莫西沙星的耐藥率均為100%,而且對苯唑西林的耐藥率也分別高達(dá)96.4%和80%。
②經(jīng)頭狀葡萄球菌PCR試劑盒擴(kuò)增和產(chǎn)物測序確認(rèn),28株利奈唑胺耐藥的頭狀葡萄球菌和5株利奈唑胺耐藥的表皮葡萄球菌攜帶cfr基因陽性率分別為82.1%(23/28)和80%(4/5),而2株利奈唑胺敏感的頭狀葡萄球菌未檢出。另外,這35株葡萄球菌的optrA基因全部為陰性。
③PFGE和聚類分析結(jié)果顯示:30株頭狀葡萄球菌分為3群(A～C),其Dice相似系數(shù)為74.9%～100.0%;5株表皮葡萄球菌的PFGE幾乎一致,其Dice相似系數(shù)為89.2%～100.0%,而且這5株表皮葡萄球菌的MLST均屬于ST 22型。這些結(jié)果表明利奈唑胺耐藥的頭狀葡萄球菌和表皮葡萄球菌都在醫(yī)院存在克隆傳播。
④通過高通量測序技術(shù)平臺,獲得3株頭狀葡萄球菌(QD2、QD12和QD40)和1株表皮葡萄球菌QD39的染色體和質(zhì)粒的全序列。生物學(xué)信息分析顯示:頭狀葡萄球菌QD2、QD12和QD40各有1條染色體和3個質(zhì)粒,且攜帶的cfr基因分別位于質(zhì)粒上(分別命名為pHJP338-2、pHJP381-2和pHJP410-3);表皮葡萄球菌QD39含有1條染色體(HJP409-chr)和1個質(zhì)粒,但攜帶的cfr基因位于染色體HJP409-chr上。
⑤比較基因組學(xué)分析顯示,攜帶cfr基因的質(zhì)粒pHJP338-2、pHJP381-2和pHJP410-3與攜帶cfr基因的MRSA菌株LRSA417的質(zhì)粒pLRSA417(GenBank No:KJ922127.1)的序列高度相似(覆蓋率高達(dá)100%,核酸一致性99.17%)。另外,表皮葡萄球菌QD39染色體HJP409-chr的cfr區(qū)域由ISEnfa4-orf1-cfr-ISEnfa4組成,也與MRSA菌株LRSA417的質(zhì)粒pLRSA417(GenBank No:KJ922127.1)中相對應(yīng)的序列高度相似。
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