全球微生物模式基因組測(cè)序計(jì)劃取得重要進(jìn)展！
小吳 / 2020-11-10 09:48:25
10月29日，《核酸研究》（NucleicAcidsResearch）在線發(fā)表了國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心（中國(guó)科學(xué)院微生物研究所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、世界微生物數(shù)據(jù)中心）團(tuán)隊(duì)關(guān)于全球模式微生物基因組數(shù)據(jù)庫gcType的文章。gcType是由我國(guó)牽頭的全球模式微生物基因組測(cè)序計(jì)劃的重要成果。
模式菌株（typestrains）是在給微生物定名、分類記載和發(fā)表時(shí)，以純菌狀態(tài)所保存的菌種，是微生物分類學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)參考物質(zhì)，也是理想的生物技術(shù)研究工具，具有重要的科研和產(chǎn)業(yè)價(jià)值。模式菌株長(zhǎng)期以來分散在全球各國(guó)超過100余個(gè)保藏中心，是各個(gè)保藏中心甚為珍貴的資源。2018年，微生物所牽頭組織發(fā)起了全球模式微生物基因組測(cè)序計(jì)劃，從全球微生物資源保藏中心選擇目前未進(jìn)行測(cè)序的模式微生物菌株（包括細(xì)菌、古菌和可培養(yǎng)真菌），預(yù)計(jì)5年內(nèi)完成超過10,000種的細(xì)菌、真菌、古菌模式菌株基因組測(cè)序，建立全球微生物模式菌株基因組測(cè)序合作網(wǎng)絡(luò)，現(xiàn)已有來自美國(guó)的ATCC、日本JCM和NBRC、韓國(guó)的KCTC等超過12個(gè)國(guó)家的26個(gè)微生物資源保藏中心正式加入該計(jì)劃并形成了重要了階段性成果。
目前，國(guó)家微生物數(shù)據(jù)中心（世界微生物數(shù)據(jù)中心）已經(jīng)形成了國(guó)際引領(lǐng)的微生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)體系。其中全球微生物菌種目錄（GlobalCatalogueofMicroorganism,gcm）集成了來自全球50個(gè)國(guó)家133個(gè)微生物資源中心46萬微生物菌種資源數(shù)據(jù)(NucleicAcidsRes.2016)，是目前最大的微生物實(shí)物資源數(shù)據(jù)平臺(tái)。全球模式微生物基因組數(shù)據(jù)庫（GlobalCatalogueofTypeStrain,gcType）整合了16701個(gè)有效發(fā)表的原核生物的超過13944個(gè)基因組數(shù)據(jù)(NucleicAcidsRes.2020)，是目前在模式微生物基因組方面數(shù)據(jù)最為全面，功能最為完善的數(shù)據(jù)平臺(tái)，為用戶提供一站式的數(shù)據(jù)管理和基因組注釋、新種鑒定等分析。全球微生物組數(shù)據(jù)庫（TheGlobalCatalogueofMetagenomics,gcMeta）整合了超過200TB宏基因組相關(guān)數(shù)據(jù)和超過100個(gè)在線數(shù)據(jù)分析工具及整合的工作流(NucleicAcidsRes.2019)。
國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心持續(xù)為超過90個(gè)國(guó)家的用戶提供高質(zhì)量的數(shù)據(jù)服務(wù)，致力于建立國(guó)際一流的微生物數(shù)據(jù)中心。國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心史文聿博士和孫清嵐博士為文章共同第一作者，中心馬俊才研究員與吳林寰研究員為共同通訊作者，國(guó)內(nèi)外22個(gè)團(tuán)隊(duì)共同參與了文章的相關(guān)工作。衷心感謝中國(guó)科學(xué)院國(guó)際大科學(xué)培育專項(xiàng)計(jì)劃、科技部國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心、中國(guó)科學(xué)院微生物學(xué)科數(shù)據(jù)中心、中國(guó)科學(xué)院地球大數(shù)據(jù)A類先導(dǎo)專項(xiàng)、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略生物資源網(wǎng)絡(luò)計(jì)劃等項(xiàng)目的長(zhǎng)期支持。
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