科學(xué)家開創(chuàng)了發(fā)現(xiàn)致癌細(xì)菌的新方法！
小楊 / 2019-10-25 08:51:28
中國(guó)微生物菌種查詢網(wǎng) 東英吉利大學(xué)的科學(xué)家們正在探索一種新的發(fā)現(xiàn)與癌癥有關(guān)的細(xì)菌和病毒的方法。已經(jīng)將一些感染與包括胃癌和宮頸癌在內(nèi)的癌癥聯(lián)系起來。
今天發(fā)表在《基因組生物學(xué)》上的新研究表明，如何對(duì)從腫瘤中收集的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行測(cè)序，以揭示其他相關(guān)細(xì)菌和病毒。
希望這項(xiàng)工作可以幫助發(fā)現(xiàn)引起癌癥的細(xì)菌，甚至有一天可以導(dǎo)致更多的癌癥疫苗，例如HPV疫苗。
來自UEA諾里奇醫(yī)學(xué)院的首席研究員Dan Brewer博士和Earlham研究所(EI)的客座工作人員說：“我們已經(jīng)知道感染和癌癥之間有很強(qiáng)的聯(lián)系。例如，消化道中可能存在幽門螺桿菌。導(dǎo)致胃潰瘍，并與胃癌有關(guān)。
“與此同時(shí)，某些類型的HPV病毒可引起宮頸癌。
“隨著我們進(jìn)入基因組醫(yī)學(xué)時(shí)代，人體組織越來越多地被全基因組測(cè)序。
“當(dāng)對(duì)腫瘤樣本進(jìn)行全基因組測(cè)序時(shí)，來自任何病原體的DNA也將被測(cè)序，從而有可能檢測(cè)和定量病原體。
“這為我們提供了絕佳的機(jī)會(huì)來收集數(shù)據(jù)，這將有助于我們發(fā)現(xiàn)細(xì)菌與病毒與不同類型的癌癥之間的新關(guān)聯(lián)?！?br />
該研究小組制作了計(jì)算機(jī)模擬程序，以測(cè)試多種方法，然后再對(duì)實(shí)際的癌癥序列數(shù)據(jù)進(jìn)行測(cè)試，并在其中檢測(cè)出一系列有趣的病原體。
同樣來自UEA諾里奇醫(yī)學(xué)院的研究生研究員亞伯拉罕·吉哈維(Abraham Gihawi)說：“已經(jīng)有大量的科學(xué)工具可以根據(jù)其基因組序列數(shù)據(jù)對(duì)生物進(jìn)行分類。這項(xiàng)新的研究著眼于在人體組織上進(jìn)行生物識(shí)別的每個(gè)關(guān)鍵計(jì)算步驟。排序數(shù)據(jù)。
“我們收集了計(jì)算機(jī)腳本，這些腳本結(jié)合了性能最高的工具，可應(yīng)用于大量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
“我們使用計(jì)算機(jī)模擬，然后在一些真實(shí)的癌癥序列數(shù)據(jù)上測(cè)試了我們的方法。
“為了進(jìn)行模擬，我們產(chǎn)生了'模擬'基因組，其中主要包含人類序列，并摻入了極少量的致病序列，這正是我們期望在癌癥序列中看到的。
“由于我們確切地知道每個(gè)模擬基因組中有哪些病原體，以及有多少病原體，因此我們可以測(cè)試每種方法的效果如何。
“然后我們?cè)谝恍┱鎸?shí)的癌癥測(cè)序數(shù)據(jù)上測(cè)試了我們的方法，我們知道我們期望看到的結(jié)果。
“除了發(fā)現(xiàn)已知與癌癥有關(guān)的病原體，我們還發(fā)現(xiàn)了更多的病原體。我們才剛剛開始探索這些其他病原體可能在癌癥發(fā)展中所起的作用?！?br />
布魯爾博士補(bǔ)充說：“已經(jīng)有一種HPV疫苗被認(rèn)為可以預(yù)防約70%的宮頸癌病例。我們希望，通過鑒定與其他癌癥有關(guān)的細(xì)菌和病毒，將來可以開發(fā)新的疫苗?！?br />