微生物查詢網(wǎng)： “如今，生物信息學正扮演著越來越重要的角色，它也是信息時代帶給生物醫(yī)學的巨大推動力。”8月3日，在第十四屆國際生物信息學論壇（IBW 2019）上，哈佛大學教授劉小樂表示，生物醫(yī)藥領域產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)，如何通過生物信息學與計算科學弄懂這些數(shù)據(jù)，成為生命科學領域?qū)＜夜餐P注的話題之一。
此次論壇共邀請國內(nèi)外20位頂尖學者圍繞表觀遺傳學、基因組學、轉錄組學、蛋白質(zhì)組學、系統(tǒng)生物學等前沿科學領域的最新研究進展、技術發(fā)展和臨床應用進行了主題報告。
越來越多的科學研究表明，不同個體攜帶的DNA信息差異可能成為探索生命奧秘的關鍵密碼。也正是基于基因組研究在人類醫(yī)藥學領域和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)領域的潛在應用價值，世界上眾多科研機構和商業(yè)公司在組學技術上展開了激烈的角逐。
中國科學院生物物理研究所研究員、中國科學院院士陳潤生首先介紹了非編碼基因領域的一些最新研究進展。他表示，部分非編碼基因可以翻譯成小肽，這個過程并不是隨機的，而是受調(diào)控的。研究發(fā)現(xiàn)，約46%的小肽像編碼基因一樣，以AUG作為起始密碼子，而對于非AUG起始的小肽，目前正借助離體的翻譯體系作進一步研究。此外，非編碼RNA還存在“過度翻譯”現(xiàn)象，比如circRNA可以環(huán)繞自身多圈，翻譯成更長的肽段。
“非編碼基因有潛力成為很好的腫瘤標志物或藥物靶點，如lncTCF7和lncKdm2b等。”陳潤生說，隨著DNA計算機的發(fā)展，如何突破液相反應體系中結果提取的速度限制將成為關鍵問題。
目前，國內(nèi)外已經(jīng)有100余種序列比對軟件被開發(fā)出來，哈佛大學醫(yī)學院助理教授李恒表示，新一代短序列比對軟件在達到≧150bp的基礎上會進一步提升速度，這在大數(shù)據(jù)時代有著重要意義。與此同時，參考基因組也需要進一步完善，為基因組在科學研究和臨床工作中的應用打下更為堅實的基礎。
賓夕法尼亞大學病理系副教授王凱指出，基因組上重復序列的變異與一系列疾病相關，如亨廷頓舞蹈癥等，但是傳統(tǒng)的短讀長基因測序技術難以實現(xiàn)準確的鑒定，而長讀長測序平臺能夠更好地鑒定重復串聯(lián)變異。重復序列鑒定工具RepeatHMM在算法層面做了一系列改進，避免傳統(tǒng)方法鑒定重復次數(shù)的誤差。目前，他的團隊開發(fā)的LinkedSV，就可以精準鑒定包括倒位、缺失在內(nèi)的各種結構變異。
可以說，不斷積累的組學大數(shù)據(jù)正在幫助科學家們越來越多地揭示一系列復雜疾病發(fā)生發(fā)展的機制?！叭绻麑⒒蚪M學、轉錄組學等數(shù)據(jù)和化學反應結合在一起考慮，還能夠幫助我們提升對于腫瘤等疾病的認識。”美國佐治亞大學教授徐鷹說。
與此同時，組學大數(shù)據(jù)的積累與挖掘給相關產(chǎn)業(yè)帶來全新機會點，但隨之而來的問題即是如何高效地對數(shù)據(jù)進行分析和解讀。那么，近年來新興的生物云計算平臺將如何更好地提供助力呢？
中軟國際科技服務有限公司云服務工程師表示，生物信息行業(yè)全年業(yè)務存在波峰和波谷，當業(yè)務處于波谷時，本地服務器集群等系統(tǒng)可滿足業(yè)務對IT資源的需求，但面對業(yè)務波峰時，本地資源受規(guī)模限制而無法及時滿足需求，此時就可以利用公有云資源彈性擴展資源規(guī)模，以此縮短分析時長和提升解讀效率。同時，華為云將容器技術應用于生物信息領域并發(fā)布了基因容器服務（GCS），為廣大生物信息人員提供“更省、更快、更輕松”的云計算平臺。
其中，GCS由三層架構組成：底層是Docker層，主要解決軟件的安裝和升級的問題；中間層是Kubernetes層，主要解決大規(guī)模集群中部署和運行Docker的問題；頂層是流程管理層，主要負責業(yè)務流程控制并提供精細粒度的監(jiān)控運維管理能力。
采訪中，記者了解到，華為最新推出業(yè)界最高性能的ARM-based處理器-鯤鵬920以及TaiShan服務器。其中，TaiShan服務器主要面向大數(shù)據(jù)、分布式存儲以及ARM原生應用等場景，發(fā)揮出了ARM架構在多核、高能效等方面的優(yōu)勢，為企業(yè)用戶構建高性能、低功耗的新計算平臺奠定了基礎。并且，該款服務器在實際應用過程中，相比傳統(tǒng)的x86服務器有較明顯的性價比提升。
據(jù)悉，本屆大會由北京大學生物信息中心承辦，北京大學數(shù)學科學學院/統(tǒng)計科學中心、北京大學分子醫(yī)學研究所、北京大學醫(yī)學部基礎醫(yī)學院、北京大學腫瘤醫(yī)院生物信息中心、蛋白質(zhì)與植物基因研究國家重點實驗室、上海嘉因生物科技有限公司、中軟國際科技服務有限公司協(xié)辦。
北京百歐博偉生物技術有限公司（biobw）是北京的一家專業(yè)于生物技術的研究與廣泛運用及推廣的高科技公司，位于北京企業(yè)林立的豐臺區(qū)造甲街，生物技術推廣及運用早于2011年開始，成立公司于2013年一月。本公司主要提供色譜耗材、色譜儀器、固相萃取裝置、化學試劑、樣品瓶、氘燈、標準品、微生物技術、菌種保藏服務以及ATCC產(chǎn)品代理等產(chǎn)品及服務。中國微生物菌種查詢網(wǎng)