江蘇疾控首次鑒定一種新型環(huán)狀單鏈DNA病毒
中國(guó)微生物菌種查詢網(wǎng) 來(lái)源：生物探索 / 2016-12-16 08:25:02
該病毒是我中心病原所對(duì)今年9月27日江蘇出入境檢驗(yàn)檢疫局送檢的一例從新加坡回國(guó)的發(fā)熱病人咽拭子樣本進(jìn)行病原體檢測(cè)后所得。病原所實(shí)驗(yàn)室人員通過(guò)對(duì)送檢樣本用高通量測(cè)序技術(shù)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)其中含有一種新型環(huán)狀單鏈DNA病毒片段，后根據(jù)高通量測(cè)序reads序列設(shè)計(jì)特異引物，對(duì)病人咽拭子樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增，產(chǎn)物經(jīng)過(guò)sanger測(cè)序、序列組裝，于10月26日獲得該病毒全長(zhǎng)基因序列3018nt。
該病毒基因組含2種主要開(kāi)放讀碼框（ORFs），分別編碼復(fù)制酶蛋白R(shí)ep和衣殼蛋白Cap；有2個(gè)基因間隔區(qū)，其中大的間隔區(qū)含有環(huán)狀病毒特征性莖環(huán)結(jié)構(gòu)。與該病毒最相似的為豬糞相關(guān)的環(huán)狀病毒5（porcinestool-associatedcircularvirus5(PoSCV5),isolateCP3），編碼蛋白氨基酸序列相似性約為43%和50%，進(jìn)化分析揭示這2種編碼蛋白分別與環(huán)狀病毒科及未分類的環(huán)狀單鏈DNA病毒聚為一類，疑似為一種新型病毒。初步將該病毒命名為HumanPoSCV5-likecircularvirus(isolateMRJ)，基因組序列已遞交GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)（Accessionno.KY052047)。
對(duì)病人的尿、血和唾液樣本進(jìn)一步檢測(cè)發(fā)現(xiàn)，唾液中可以檢測(cè)出，而尿和血液中檢測(cè)不到。豬糞相關(guān)的環(huán)狀病毒可引起豬腹瀉，人未見(jiàn)感染報(bào)道。其他種屬的環(huán)狀單鏈DNA病毒有在多發(fā)性硬化癥病人的腦積液和血清、心包炎病人的心包液及腦炎病人的腦積液檢測(cè)出的報(bào)道，但是與疾病的聯(lián)系均不能確立。該新型環(huán)狀單鏈DNA病毒與病例所患疾病的關(guān)聯(lián)還不明確。
目前，實(shí)驗(yàn)室正對(duì)樣本進(jìn)行病毒分離培養(yǎng)，以便開(kāi)展下一步的研究工作。該新型環(huán)狀單鏈DNA病毒為世界首次鑒定，體現(xiàn)了江蘇疾控中心不明原因疾病鑒定能力的進(jìn)一步提升。