無菌箱的消毒滅菌，可采取以下幾種方法：
l．用甲醛和高錳酸鉀混合熏蒸：一般每平方米需40％甲醛10毫升、高錳酸鉀8毫升，進行熏蒸。使用時，先密閉門窗，量甲醛溶液盛入容器中、然后倒入量好的高錳酸鉀，人員隨之離開接種室，關緊房門，熏蒸20—30分鐘即可。
2．0.1％升ag水消毒：用0.1％升ag水浸過的紗布或海綿進行指擦，或用噴霧器噴霧滅菌，使箱內的上下左右都沾上升AG水，手也可用升AG水消毒，并把袖子卷起來。噴霧后 20～30分鐘，箱內的雜菌和霧滴一起落到箱底被殺死，內部的空氣就變得很清潔。
3．石灰揩擦：經常用藥物熏蒸，易造成酸性環(huán)境，特別用甲醛和高錳酸鉀熏蒸長久，污染往往越來越嚴重，預防辦法可把各種藥品交替使用，過一段時間（約五周）用石灰擦洗一遍。實踐證明，這樣做效果很好。
4．紫外線照射滅菌：在無菌箱中裝一支200伏、3O瓦的紫外線燈管；每次開20～30分鐘，就能達到空間殺菌的 目的。照射結束后，罩黑布半小時，以增強殺菌效果。
5．石炭酸噴霧：在每次接種之前，用5％石炭酸溶液噴霧，可促使空氣中的微粒和雜菌沉降，防止桌面微塵飛揚，并有殺菌作用。
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